Монастырь находится на горном плато на высоте 907 метров. На территории обители существует сеть подземных тоннелей и пещер. Они ведут к подземному рукотворному храму и кельям монахов-схимников. До наших дней в пещерах сохранилась лишь часть келий, один из залов и коридоры общей протяженностью около 300 метров. Источник Святого Великомученика и Целителя Пантелеимона – одна из главных святынь Пустыни. Считается, что вода имеет исцеляющие свойства.
